Fort de son parcours académique solide, Cissé Ibrahima Bacongo fait ses premiers pas professionnelles dans le monde institutionnel en 1990 en tant que consultant permanent au Cabinet Jeantet et Associés, premier cabinet d’Avocats d’affaires d’Europe Continentale où il servira jusqu’en 1993.
Après le rachat de l’enseigne « Jeantet et Associés » par le cabinet C2AA, membre du réseau KMPG, il intègre celui - ci en 1993 et y collabore jusqu’en 2005.
La même année, Ibrahima Cissé Bacongo fait son entrée , pour la première fois dans le gouvernement ivoirien pour y rester jusqu’en 2015 , occupant les portefeuilles de Ministre de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique (29 Décembre 2005) et de Ministre de la Fonction Publique et de la Réforme Administre (12 Mars 2014)